二手房增值税的计算方式是，以差额或者全额的方法计算(未满两年)全部房款÷1.05×5%×1.13，无论是全额征收还是差额征收，都是用应纳税金额除以1.05。还原成不含税价格，然后再乘以税点。二手房的增值税是原来的营业税取消，更为增值税。被称为营改增，个税保持不变。
增值税与营业税的不同在于，增值税的计算需要把含税部分剔除，而简易征收方式不需要计算进项税和销项税，其计算公式为增值税=含税销售额÷(1+征收率)×征收率。
举例来说，房子的交易价格为300万元，如果征营业税，那么营业税=300万元×5%=15万元。改征增值税后，采用简易征收，征收率为5%，300万元为含税价，需要剔除税收部分后再乘以征收率，即增值税=300万元÷(1+5%)×5%=14.29万元，即可以减少纳税7100元。
